Per caso usi Gnome?
E' normale che lo faccia, quando l'estenzione del file non e' appropriata...
Se ad esempio hai una jpg cha ha pero' come estenzione ".gif" da quel messaggio di errore...
Vede quel file come uno shellscript (dovrebbe avere estenzione ".sh"), e quindi l'estenzione che ha lo manda in crisi...
Per risolvere puoi:
- Cliccare col destro e fare "Apri con..." E scegliere di aprirlo con una shell (ad esempio Gnome-Terminal)
- Eseguirlo direttamente dalla shell... Ne apri una... Ti sposti dove si trova il file cd dir_del_file e quindi eseguirlo ./nomefile.