Dico la mia...

premesso che...
MS IE rimane comunque il browser più utilizzato (+ o - dovrebbe essere attorno al 90%)

quando si valuta l'impatto di una scelta occorre valutarla e ponderarla in funzione degli obiettivi

se l'input principale del committente è la validazione W3C

io sceglierei la codifica comunemente accettata dall'orgnismo e cioè quella senza il TAG <EMBED>

poi, per coprire gli utenti dei browser che rimangono fuori predisporrei delle pagine AD HOC, quindi NON un javascript che scrive il codice nella stessa pagina, ma un DETECT del plug-in e del Browser e un reindirizzamento alle pagine NON W3C