Lo ha fatto anche a me , anche se l'ho installata sull'unica partiz. linux in hda , ho risolto facendo una copia del kernel sulla /boot/... di yoper che mi gestisce il bootloader su mbr .

cosi:
prompt
timeout=60
default=YOS
vga=791
boot=/dev/hda

lba32

bitmap = /boot/yoper_boot.bmp
bmp-colors = 1,,0,2,,0
bmp-table = 120p,173p,1,15,17
bmp-timer = 254p,432p,1,0,0


image=/boot/yos
label=YOS
read-only
root=/dev/hdb8
append = "splash=silent "
initrd=/boot/initrd-2.6.8.1-9.img


other=/dev/hda1
label=Windows

image=/boot/vmlinuz
label=Kanotix
root=/dev/hda2
append="acpi=on apm=off noapic"
read-only

other=/dev/hdb7
label=Fedora

other=/dev/hdb5
label=Gentoo