il processo che il server compie prima di restituire un output al client sicuramente non può influire
questo x chiarire che non è una pagina in php a produrre quanto da te riscontrato

se vuoi inviare il form in pagina.php nella popup sicuramente non è corretto inserire quella chiamata nell' action del form
apri la finestra onsubmit, segni il nome di quella finestra come target del form e come action l' indirizzo della pagina che vuoi aprire in quella finestra

basandomi sul codice che hai postato
<form name="form1" method="post" action="pagina.php" target="prova" onsubmit="apri('')">

poi,
sarebbe + corretto scrivere fullscreen=1 che semplicemente fullscreen
se vedi la barra del titolo della popup non stai aprendo un fullscreen