la struttura dello script potrebbe essere questa:

- effettua la connessione al database.
- apre il file di backup in sola lettura
- verifica l'ultimo inserimento fatto e memorizza l'id che è il più alto.
- preleva un record alla volta dal file che sta leggendo e per ognuno:
-- sostituisce il numero di id con quello effettivo.
-- effettua una query per verificare che il record non fosse già presente in base ai parametri che hai indicato, se fosse positivo NON effettua l'inserimento, altrimenti si.
- alla fine chiude la connessione e il file ed esce.