per un po' di tempo ho tenuto sullo stesso pc sia la version 3 che la 4 di MySQL.
Poiché devono necessariamente avere alcuni parametri con valori distinti (porta, cartella tabelle, ecc.) puoi optare per impostarli in fase di compilazione opprure lanciare i demoni specificando il file di configurazione, distinto per ciascun demone, con le relative impostazioni.