no, io credo che il problema sia proprio il file batch dato che se lancio l'applicazione nello stesso identico modo da riga di comando non ho nessun tipo di problema

tanto per aggiungere un elemento nuovo, avevo lo stesso problema qualche giorno fa perchè avevo creato il file batch cosi

@echo off
START etcetc

senza aggiungere alla fine il carattere di ritorno a capo. Poi l'ho aggiunto e tutto funzionava perfettamente, fino a oggi