Non ho capito se il tuo problema è legato a Internet Explorer (iexplore.exe) oppure alla GUI di windows (explorer.exe).
Nel secondo caso è un problema noto in windows XP.
Prova a installare questo registro che dovrebbe stabilizzare explorer.

(click di dx --> salva con nome)

In alternativa ti posso anche consigliare software di file managing come Total commander o Directory Opus (porting della mitica versione originale del vecchissimo amiga), decisamente meglio dell'interfaccia grafica di windows, almeno per quanto riguarda la gestione di files e cartelle.