non mi è molto chiaro quello che hai fatto.
con il tuo script io posso dire di essere della città di milano nella regione lazio e nella nazione germania.

perchè invece non memorizzi direttamente la città e basta?

la pagina potresti realizzarla in questo modo:
1) mostri l'elenco delle nazioni, sull'onchange del controllo ricarichi la pagina passando come parametro nella query string l'id (magari criptato) della nazione.

2) carichi l'elelnco delle nazioni con quella che ha scelto già selezionata e mostri il controllo delle regioni.
stesso discorso, quando sceglie la regione ricarichi la pagina passando come parametri sia l'id della nazione che quelo della regione nella query string. e mostri l'elenco delle città ovviamente filtrato in base alle scelte precedentemente fatte.

quando sceglie anche la città memorizzi nel database solamente l'id della città. a questo punto sai sia la regione che la nazione e sei sicuro che non si inventa di stare a miami lombardia polonia.

altrimenti sai che fantasie che si scatenano?