Ciao,
non so se ho ben capito cio che chiedi...

Cmq qua il php c'entra poco perche credo il sistema piu comodo sia utilizzando i frame, poi se all'interno delle pagine vuoi utilizzare codice php basta che l'estenzione delle stesse sia .php

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Frameset//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/frameset.dtd">
<html>
<head>
<title>Documento senza titolo</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>

<frameset rows="80,*,80" frameborder="NO" border="0" framespacing="0">
<frame src="top.php" name="topFrame" scrolling="NO" noresize>
<frameset cols="150,*" frameborder="NO" border="0" framespacing="0">
<frame src="sx.php" name="sxFrame">
<frame src="main.php" name="mainFrame">
</frameset>
<frame src="bot.php" name="botFrame" scrolling="NO" noresize>
</frameset>
<noframes><body>
</body></noframes>
</html>

crea una pagina index.htm con questo codice, e le relative pagine che vedi include all'interno di src="xxx.xxx"

vedi un po se ti puo andar bene.

Ciao Ciao