se apri il menù, entri in una categoria, tasto destro, 'entire menù' e 'add new item to this menù'.

non ti garantisco nulla però...
per esempio da nautilus, se scrivi 'applications:///' nella barra, accedi al menù, a me dava problemi però...
a volte ho provato a modificarlo anche da linea di comando, tipo da /usr/share/applications....

fammi sapere cosa riesci a combinare