Anzitutto devi curare il codice HTML.

Un tag <form> dentro la head non ha senso.
Se per caso stai usando un editor HTML buttalo, e passa all'editing manuale.

Non capisco la lettura dell'orologio nel tuo script.

Io farei una cosa diversa. Mi costruirei una base dei tempi, e ad ogni tempo prefissato incrementerei uno o l'altro contatore in base al fatto che siano abilitati o disabilitati.

codice:
var on_off = document.NOMEFORM.NOMECHBOX0; // start/stop
var tempo1 = 0;                            // tempo giocat.
var tempo2 = 0;
var abil1 = document.NOMEFORM.NOMECHBOX1;  // in gioco/fuori
var abil2 = document.NOMEFORM.NOMECHBOX1;
var gioc1 = document.NOMEFORM.NOMECAMPO1;  // campo display
var gioc2 = document.NOMEFORM.NOMECAMPO2;

function timebase() {
  if(!on_off.checked) return;
  if(abil1.checked) tempo1 += 0.1;
  if(abil2.checked) tempo2 += 0.1;
  gioc1.value = tempo1;
  gioc2.value = tempo2;
}

function reset() {
  tempo1 = 0;
  tempo2 = 0;
  gioc1.value = tempo1;
  gioc2.value = tempo2;
}
Il tutto va avviato con:
<body onload="setInterval('timebase()', 100);">

Nel form ci dovranno essere:
Un checkbox per start/stop tempo
Un checkbox per ogni giocatore: in gioco/fuori
Un campo testo per ogni giocatore (readonly)

Nota: con il tempo di ripetizione di 0,1 sec, potrebbe avere problemi su qualche computer un po' lento.

Nota2: se i giocatori sono piu` di due, e` meglio fare routine ricorsive (ed usare vettori invece di varibili singole).