beh andare a ricercare il perché è dura anche perché potrebbe essere la gestione dei colori dei sofware, dei video ecc.
Credo sia meglio parlare della soluzione. A prescindere dal fatto che sullo sfondo hai usato #000000 e anche il fondo del logo è #000000 se trovi questa differenza l'unica è sostituire al fondo in in codice un pattern 16*16 creato con lo stesso sofware con cui hai fatto il logo. A questo punto la differenza fra fondo e logo scompare