Ciao,
bisognerebbe sapere che piattaforma stai usando, PHP+Apache? Su Linux? Su Windows?
comunque se il server supporta le ssi continua tranquillamente a usare questa sintassi prima dell'apertura dei tag php
oppure ancora, come soluzione estrema, puoi fare
<?php
readfile('http://domain/cgi-bin/counter.pl') ;
?>