premesso fatto che probabilmente sei OT...
Google, come qualsiasi motore di ricerca, indicizza quello che "vede". Ovvero richiede una pagina e ne indicizza i contenuti. Se poi la tua pagina viene creata con 1000 include comunque ciò che arriverà a Google è un unico documento html. Indicizzerà quindi il risultato finale.
Ricorda che PHP è server-side, e quindi completamente trasparente al client (ed in questo caso Google è il client)