Guarda io non me ne intendo moltissimo di htaccess e quant'altro, ma a quanto ho letto proprio ieri mi pare che puoi predisporre un file htaccess in ogni cartella. Quindi anche se il server è condiviso forse piazzando l'htaccess in una certo maniera (quale non lo so!) puoi fare in modo che i suoi effetti si determinino solo sulla cartella specifica. Forse sto dicendo un po' di cazzate ma prova a cercare qualcosa sul mod rewrite.

Sicuramente c'è qualcuno qui che ne sa molto più di me, spero si faccia avanti.