1- in mencoder dvd://1 -aid 129 -oac copy -ovc copy -o film non c'è alcuna opzione relativa ai sottotitoli quindi è normale che non te li copia

2- -voboutid en -voboutsouthindex 0 -vobout film la sintassi è sbagliata:
-vobsubout film -vobsuboutid en -vobsuboutindex 0

ottieni due file film.sub e film.idx che non puoi inserire nel file video-audio, rimangono a parte per usare i sottotitoli
mplayer -vobsub film -vobsubid 0 film.avi

se il file audio-video si chiama come i file dei sottotitoli, a meno dell' estensioni e almenho che tu non abbia nel tuo file di configurazione l'opzione noautosub i sottotitoli verranno caricati in automatico cioè senza bisogno di passare alcuna opzione, poi potrai disattivarli/riattivarli con il tasto v e switchare fra le varie lingue con j


P.S: naturalmente nel punto 2 devi mettere -slang it/en o -sid 0/1/.... per attivar ei sottotitoli