se usi echo puoi usare questa sintassi o almeno così faccio io
In poche parole nella stessa riga convivono variabili php e javascript ed io ho risolto racchiudendo le variabili php con due apicetti ( " ) e con gli apici ( ' ) quelle javascriptCodice PHP:
<? echo "
[url='javascript:Popup(\"$dir/$nome/$dir3.php\")']Apri la popup[/url]"; ?>