da console:
codice:
mysql -u nomeutente -p nomedatabase < backup.sql
(poi dai la pass)

per phpmyadmin il problema è dato dai valori di default (troppo bassi per un file di quelle dimensioni) che hai in php.ini
codice:
upload_max_filesize = 2M
(questo per la dimensione massima degli upload via http)
e probabilmente anche per
codice:
memory_limit = 8M
(il limite di memoria che uno script può utilizzare)