Un particolare che mi ero dimenticato: il file aperto in modalita append non permette la sovrascrittura delle parti già scritte ma solo "l'allungamento" del file.

Per sovrascrivere devi aprire il file in modalità "r+", il resto del codice va bene. Attento però che la lunghezza nuova riga deve essere uguale alla vecchia: altrimenti se è più corta ti troverai i resti della vecchia nella seconda riga, se è più lunga "sconfinerai" nelle righe successive