i runlevel (system V) vengono gestiti da symlink che solitamente puntano a /etc/init.d/nomeservizio.
la S o la K iniziale stanno ad indicare se per quel determinato runlevel il servizio debba essere Startato o Killato. il numero che segue poi può essere utile per stabilire un ordine cronologico.

se vuoi ad esempio che il demone ftpd parta anche da runlevel 3, ti sposti in /etc/rc3.d (talvolta /etc/rc.d/rc3.d) e crei un symlink:
ln -s /etc/init.d/ftpd S23ftpd
per esempio.
ovviamente in /etc/init.d deve esserci lo script relativo (usa il tab per il completamento automatico)


//edit:
qui è spiegato in modo semplice:
http://openskills.info/view/boxdetai...pe=description