la 4.0.3 è la stable release,
4.1.16 è una WIP (work in progress)

la prossima stable release sarà la 4.2

Personalmente ti consiglio di usare la 4.1.16 ,sebbene sia una WIP, perchè ha corretto molti bug della 4.0.3 e ha portato varie migliorie



P.S. la versione di allegro è uguale per tutti i sistemi operativi supportati