Fai così:
codice:
String testo;
int scan = 0;
//...acquisizione testo
while(testo.indexOf("<script",scan)>0){
  int start = testo.indexOf("<script",scan);
  int end = testo.indexOf(">",start);
  testo = testo.substring(scan,start) + testo.substring(end,testo.lenght);
  scan = end;
}
Una cosa del genere dovrebbe andare bene, forse qualche aggiustamento (scusami ma l'ho scritto di botto), fammi sapere.