dato che la tua azienda usa php, credo a te interessi Java lato server, quindi dovresti prima di tutto imparare le basi di Java in generale, sintassi ecc... iniziando da applicazioni standalone magari usando proprio la guida di questo sito: http://programmazione.html.it/java/index.html
poi potresti passare alle Jsp: http://www.html.it/jsp/

Come srumenti dovrebbero servirti la J2EE, Tomcat e qualche IDE per semplificarti il lavoro come eclipse, netbeans o jbuilder.

Come libri potresti leggere "Fondamenti di Java2" di Shildt(http://www.informatica.mcgraw-hill.i...p?item_id=1500) e poi "La guida completa jsp" di Hanna(http://www.informatica.mcgraw-hill.i...p?item_id=1138)
Se vuoi approfondire le conoscenze anche per applicazioni standalone consiglio "La guida completa Java2" di Schild(http://www.informatica.mcgraw-hill.i...p?item_id=1429)