ciao

se usi C++ non puoi decidere al momento dell'esecuzione quali librerie usare...devi deciderlo al momento della compilazione

in questo caso di puoi definire delle variabili globali da usare in questo modo

#define LINUX
oppure
#define WINDOWS

e poi nei vari include

#ifdef LINUX
#include <stdio.h>
#endif

#ifdef WINDOWS
#include <windiws.h>
#endif

questo naturalmente lo puoi usare in tutte le parti di codice che prendono "una via differente" a seconda del S.O. utilizzato!

naturalmente alla fine ti basterà definire "LINUX" o "WINDOWS" a seconda del S.O. x il quale stai compilando!