Se le tabelle sono le stesse ma semplicemente suddivise in più database sullo stesso server non avrai differenze di velocità, a meno che ovviamente tu non utilizzi valori di parametri come "max tmp tables" o "max connections" (i primi due che possono influenzare la cosa che mi vengono in mente) troppo bassi.

Quello che influisce è l'ottimizzazione di tutti i parametri in base al carico, al fatto che tu abbia record molto grandi o meno, indici corretti o meno, adeguata RAM sul server, dischi veloci...

In generale ci sono dei tool che ti consentono di verificare dove sta il collo di bottiglia, anche se solitamente con MySQL sta nella RAM.

In ogni caso, dare una risposta più precisa senza altri dati equivale a giocare una schedina al Superenalotto...