Credo che la cosa piu` semplice sia:

<form ... onsubit="setTimeout('document.NOMEFORM.reset()',20 0);">

i 200 millisec servono per dare il tempo al form di spedirsi, prima di azzerarsi.

In alternativa, nella popup (nella pagina ritornata dal server) ci metti un:
window.opener.NOMEFORM.reset();
in qualche punto (anche nella head).


Nota che le popup potrebbero venir tagliate dai browser!!!