Il problema e` che il setTimeout non e` associato ad alcuna variabile, quindi e`unico.

Per avere timeout diversi, occorre associare delle variabili:
codice:
var tim1, tim2, tim3;
function fun1(){
  tim1 = setTimeout('fun2()',1000);
}
function fun2(){
  tim2 = setTimeout('fun3()',1000);
}
function fun3(){
  tim3 = setTimeout('fun4()',1000);
}
...