Gli indici si creano tramite SQL, la sintassi precisa dipende dal dbms che usi. Comunque puoi sempre usare l'applicazione di controllo del db (ad esempio phpMyAdmin per MySQL)
Il criterio con cui crearli dipende dalla progettazione del database: generalmente si usano su quelle colonne in cui si eseguono molte ricerche (ad esempio nomi, ecc). Sono molto efficaci anche su campi su cui devi eseguire i join tra tabelle diverse.
Tieni conto che il loro utilizzo viene svolto in automatico dal dbms, che valuterà il modo migliore di accedere alla tabella. Alcuni db (es ORACLE) permettono di dare dei suggerimenti all'ottimizzatore, ma nella maggior parte dei casi non sta a te preoccupartene.