Opps ho fatto un po' di confusione.

In effetti in questi casi il timeout attivo e` sempre solo uno alla volta. Io pensavo che dovessero essere attivi piu` di uno alla volta, come in:
codice:
var tim1, tim2, tim3;
function fun1(){
  document.getElementById('div1').innerHTML+='-';
  tim1 = setTimeout('fun1()',1000);
}
function fun2(){
  document.getElementById('div2').innerHTML+='-';
  tim2 = setTimeout('fun2()',3500);
}
function fun3(){
  document.getElementById('div3').innerHTML+='-';
  tim3 = setTimeout('fun3()',5500);
}
...
<div id="div1"></div>

<div id="div2"></div>

<div id="div3"></div>
E in questo caso ci vuole la variabile di appoggio.

In effetti non avevo letto bene lo script, e qualche frase del primo post mi ha tratto in inganno.