da quello che scrivi stai parlando di frame e non di form

cambia tutto coi frame...
devi mettere nel frame superiore lo script con un'altra funzione che fa ripartire il countdown
codice:
<script language="javascript">
var secondi = 80
var timer
function ReStart(){
	clearTimeout(timer)
	document.getElementById('divContoRovesciaAvviso').innerHTML=''
	ScalaTempo(secondi)
}
function ScalaTempo(Secondi){
	if(Secondi==0){
		alert('FINITO!')
	}
	else{
		var dd = document.getElementById('divContoRovescia')
		var time = new Date()
		time.setTime((Secondi*1000)-(60*60*1000));
		var tiempo = time.getHours()+'.'+time.getMinutes()+'.'+time.getSeconds();
		dd.innerHTML = tiempo
		timer = setTimeout('ScalaTempo('+(Secondi-1)+')',1000);
		if(Secondi==60){
			document.getElementById('divContoRovesciaAvviso').innerHTML='Manca meno di un minuto!!'
		}
	}
}
</script>
<BODY onload="ScalaTempo(secondi)">
<div id="divContoRovescia"></div>

<div id="divContoRovesciaAvviso"></div>
e in tutte le altre pagine mettere nell'onload il richiamo a questo restart
codice:
<BODY onload="top.NomeFrameSuperiore.ReStart()">