window open apre la finestra pop up, questa esegue delle operazioni e quando ha finito da un messaggio (alert()) e setta una var della finestra principale a true.
(self.opener.nomevariabile=true)
la finestra principale ha un timer che controlla ciclicamente se la sua variabile è diventata true, se è true la finestra principale chiude la finestra pop up. Perchè questa non si può chiudere da sola.
e si ricarica facendo self.location.href=self.location.href