Il problema e` che ricaricando la pagina perdi il riferimento al popup, e l'unico modo per ricreare il riferimento e` aprire una pagina nuova. Pero` non dovrebbe avere ripercussioni sul server.

Esempio.
1. apro popup:
var ppup = winodw.open("pagina1.htm", "nomepopup", "param.");

2. carico nuova pagina nello stesso popup:
var ppup = winodw.open("pagina2.htm", "nomepopup", "param.");

3. verifico se e` aperto ed eventualmente chiudo:
var ppup = window.open("", "nomepopup");
if (!ppup.closed) ppup.clsoe();


Nota: gli script sono JS. ASP non c'entra.