Ciao,
se le aziende non si fidano l'una dell'altra e non vogliono consentire al db di una di accedere direttamente al db dell'altra con un utente....

puoi creare una specie di webservice: uno script PHP (attivato da crontab) dell'azienda X effettua periodicamente la richiesta ad una pagina PHP dell'azienda Y che contiene il database aggiornato.
(Oppure fa il download di un file che contiene gli aggiornamenti).
Effettua il parsing del file e carica i dati nel db.

Ovviamente nessuno garantisce a X che il file contenga davvero il contenuto fedele del database di Y