Così a occhio:

1) le tue flag sono posizionate assolute ma il div contenitore non è relativo, comunque mi pare che se usi un float right fai prima.

2) secodno me hai semplicemente fatto male il conto dei pixel. Header è alto 120 e ha un immagine di 70 e sotto si posiziona il navcontent (mi pare), o fai l'immagine di 2 pixel in più o posizioni diversamente il navcontent.

Io ti consiglierei di togliere il navcontend dall'header. In header ci metti come sfonto il logo e poi con text-align right e padding top, semplicemente metti le flag al posto giusto. Forse non te ne fai nulla del div flag.
Sotto ci metti il navcontent alto il giusto con suo sfondino repeat-x e dentro i tuoi ul sempre alti giusti.

3) il bordo di content viene visto da explorer come un bordo esterno mentre dagli altri come interno. Inutile dire chi ha ragione, però o usi un hack per cambiare la width a explorer (sconsiglio) o metti il border a 0 ed ottienni il bordino con un background.

E comunque quanto ti consiglia mich è giusto. Oramai hai fatto 30, fai 31 ed elimina anche la tabella sulla sinistra.