Non mi sembra poi tanto "non convenzionale".
E` un classico esempio di layout a tre colonne con header e footer. Ne trovi esempi gia` fatti, ad esempio in constile.org o siti anloghi (indirizzi tra i "link utili" di questo forum).

Poi ogni singolo pezzo all'interno delle colonne sara` un box.

Per i titoli dei box, puoi dare attributi appropriati agli header (tag <h1>, <h2>, <h... ): potrebbe bastare un colore di sfondo a tutti i tag di un certo tipo.

Con la analisi della struttura sei sulla strada giusta: hai organizzato i contenuti in base alla logica ed importanza.
Ora devi solo dare un nome ad ogni blocco, e poi con i CSS sistemarlo nel posto piu` opportuno.