Quel codice che ti ho scritto controlla che il giorno corrente sia il primo. In effetti bastava scrivere
Codice PHP:
if (date("z") == "0") {} 
Quindi, nel tuo contatore, metti quel IF e se la condizione è verificata, invece di incrementare il valore di 1, lo imposti uguale a zero
Codice PHP:
$id_com = (date("z")!==0) ? $row_aa[1]++ : $row_aa[1] = 0; 
Ovvero: prima di dare il valore a $id_com, controlla qual'è il numero del giorno corrente: se è diverso da 0 (quindi se NON è il primo giorno dell'anno), incrementa il valore di $row_aa[1] di una unità, altrimenti ponilo uguale a zero.

Per inciso, questo valore è memorizzato all'interno di un DB? Se si, è un inutile spreco fare una query di estrazione, poi l'incremento e poi l'update, a meno che tu non estragga altri dati...