usa questo body come prova metti il tuo file al posto di qllo swf che c'è apportando le modifiche in rosso che vedi.
vedrai che il menu flash si sovrappone alla scritta prova html senza problemi. queste tabelle sono per un file largo 780 e alto 125
codice:
<body>
<div id="Layer1" style="position:absolute; width:780; height:125; z-index:0; left: 0 px; top: 0px;" align="center">
<div align="left">
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="780" height="125">
<param name="movie" value="tuofile.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="menu" value="false">
<PARAM NAME=wmode VALUE=transparent>
<embed src="tuofile.swf" quality="high" bgcolor=#FFFFFF wmode=transparent pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="780" height="125"></embed>
</object>
</div>
</div>
<table width="780" border="0" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr>
<td height="25" valign="top"></td>
</tr>
<tr>
<td height="500" valign="top"> prova</td>
</tr>
</table>
</body>