La funzione primaria di noembed è fornire un contenuto alternativo per i browser che non possono leggere il file multimediale (in questo caso flash). Con moderazione può essere utile per l'usabilità del sito ma per i motori non può fare i miracoli e non può essere paragonato ad una pagina in html.

qual'è la maniera migliore?
ho la possibilità di creare un sito speculare in html
Ti sei risposto da solo...

ma come ridirigere gli utenti dalla pagina html indicizzata a quella relativa in flash?
La soluzione più sicura è mettere un link con "Visualizza questa pagina in flash" o qualcosa del genere...

se il menu è in flash, nella pagina index.htm posso mettere dei link html "nascosti" alle varie sezioni del sito? se sì, come?
Grazie!
Li puoi anche mettere non nascosti, replichi il menu in html nella pagina cercando di renderlo omogneo alla grafica già presente.