Secondo me ti conviene usare un array monodimensionale
E' molto piu' semplice da gestiree per trovare l'elemnto a coordinate X, Y lo trovi con Y*DIMENSIONE_Y+X...

Questo metodo presenta alcune difficolta', ad esempio se vuoi tagliare due righe o due colonne devi farti una funzione che sposti tutti gli elementi successevi di uno etc etc...