Ciao, fai cosi:

$directory = "percorso cartella";
$ci_sono = false;
if ($handle = opendir($directory )) {
while (false !== ($file = readdir($handle))) {
if(is_dir($directory."/".$file)){
$ci_sono = true;
}
}
closedir($handle);
}

se alla fine ci sono contiene true vuol dire che ci sono cartelle.