non dovrebbe risentirne, ma just in case prima di formattare dai questo comando da root:

dd if=/dev/hda of=hda.mbr bs=446 count=1

questo ti copia il bootloader nel file hda.mbr

se dopo la formattazione ti sparisce ti basta avviare da cd, montare la partizione dove e` contenuto il file hda.mbr e dare da li`

dd of=/dev/hda if=hda.mbr bs=446 count=1