ok, senti questa invece:
edita un file in cui metti x, y e delta_y
vi data.1
1 1 .5
2 2 .2
3 3 .4
4 4 .11
(una retta y=x)
poi avvi gnuplot e dai come comando
plot [0:5][0:5] "data.1" with errorbars

(so che non è proprio quello che vuoi fare tui ma credo sia abbastanza vicino)

(Vedi il manuale di gnuplot.html nella /usr/share/gnuplot/etc se vuoi fare anche alcune operazioni di fitting)