Se si tratta di hosting su piattaforma linux fai sito per sito portandoti nella root del tuo spazio ( quella dove pubblichi in pratica ) :

tar cvfpsz nomefile.tgz percorso

e poi per scomprimere

tar xvfpsz nomefile.tgz

I file li puoi scaricare / caricare sul tuyo PC, oppure tramite SSH apri un accesso FTP verso il server dedicato e carichi con il comando put i file nelle loro destinazioni

Bye