Credo che la cosa migliore sia quindi acquisire tutto il codice HTML della tabella, lavorare (con una RE od altro) sul codice e riscriverlo:
codice:
var tabella = document.getElementById('ID_TABLE').innerHTML;
tabella = tabella.replace(/((:?\<tr.+?/tr\>){2}).*$/$1/);
document.getElementById('ID_TABLE').innerHTML = tabella;
Nota: funziona solo in browser recenti.

La RE potrebbe essere da rivedere (occorre verificare che esista in JS la parentesi (:? ).