se la struttura è sempre del tipo nome1.estensione e nome2.estensione puoi usare uno string tokenizer per estrarre i due nomi dai file e poi aggiungere l'esensione.
Uno string tokenizer suddivide una stringa in sottostringhe in base ad un insieme di caratteri che fungono da suddivisori.
Ad esempio
StringTokenizer stTok = new StringTokenizer("pippo.pluto.doc", ".")
suddivide la stringa pippo.pluto.doc in tre pezzetti (token): pippo, pluto e doc. A questo punto con il metodo nextToken() puoi prenderti questi pezzetti 8escludendo l'ultimo, che sarà l'esetensione del file).

ciao