Ciao,
se ho capito bene cosa intendi potresti risolvere così il problema.
La tua select scrive una serie di righe assegnando dinamicamente gli id alle input in questo modo

<input id="prezzo1"><input id="sconto1"><input type="text" onFocus="somma(this, 1)">

<input id="prezzo2"><input id="sconto2"><input type="text" onFocus="somma(this, 2)">

etc etc

In pratica gli elementi di tutte le righe hanno la parte iniziale dell'id identica ma varia il numero che sarà progressivo e dipenderà dalle righe estratte dal db.

A questo punto modifica la funzione js così:
function somma(oggetto, numero){
oggetto.value = document.getElementById("prezzo"+numero).value*1+d ocument.getElementById("sconto"+numero).value*1;
}

Spero di aver capito il tuo problema.
Fammi sapere.