Forse è dovuto dal fatto che hai fatto modifiche sul nuovo sito, GG vede il collegamento e vedendo un ottimo sito premia il vecchio.
tutti i contenuti dei vecchi siti sono stati messi come in directory di primo livello del nuovo, lasciando sui vecchi solo la home

non bisogna dimenticare il "filtro antiduplicazione"
questo è preoccupante e potrebbe essere la causa: infatti le home sono uguali
che fare ?