Gli spider a differenza dei browser non seguono i redirect in javascript, per cui leggono semplicemente la pagina che li contiene.

Nel tag <noframes> metti, oltre a del contenuto, i links alle altre pagine del sito e su queste metti i redirect al frameset.

Se usi un linguaggio dinamico, nel redirect puoi passare anche un parametro che dice al frameset quale pagina interna caricare.

I motori indicizzeranno le pagine interne seguendo i links nel tag noframes del frameset e quando gli utenti ci cliccheranno saranno reindirizzati al frameset che a sua volta caricherà la pagina giusta.