Io farei cosi:
codice:
import java.io.* ;

class ContaRigheTesto{
  public static void main(String[] arg){

    try{
      int cont = 0;
      FileReader reader = new FileReader("input.txt");
      BufferedReader in = new BufferedReader(reader);
      while(in.readLine()!=null) cont++;
      System.out.println(cont);
    }catch(IOException e){}

  }
}
e magari se sai, migliorare la gestione delle eccezioni